Jernbanerne blev bygget inden for rammerne af preussische Kleinbahngesetz fra 1892. Loven gav mulighed for at man kunne bygge lokale jernbaner. De var ikke designet til stor trafik, tunge læs og høje hastigheder, og derfor kunne man se stort på en række af de skrappe sikkerhedskrav, som ellers var gældende ved bygning af statsbanestrækninger. Samtidig blev der åbnet mulighed for at banerne kunne finansieres lokalt – af amter og byer, hvilket lettede den preussiske stat for en stor byrde.

I lighed med de øvrige lokalbaner i Sønderjylland blev også Aabenraa Amts Jernbaner anlagt med meterspor (1.000 mm), og skinner som kun vejede 15 kg pr. meter. Det var lette skinner, og dette satte snævre begrænsninger på hvor stort akseltryk og hastighed der kunne anvendes.

Der blev anlagt to strækninger med en samlet længde på 85,8 km. Den første, som åbnede den 14. februar 1899 gik fra Aabenraa til Gråsten. Den anden, som åbnede den 8. maj 1901 gik fra Aabenraa over Hovslund til Løgumkloster. Specielt strækningen til Løgumkloster havde et noget kringlet forløb, og det er således ikke underligt at amtsbanen i folkemunde fik navnet „Æ kringelbahn“. Bedre blev det ikke af at Amtsbanestationen i Hovslund lå umiddelbart vest for statsbanestationen og var en rebroussementsstation - dvs. at togene kørte ind på stationen sydfra og fortsatte sydpå ud af stationen, så lokomotivet skulle rangeres ned i den modsatte ende af toget. I Løgumkloster lå amtsbanestationen umiddelbart nord for statsbanestationen.

Banerne blev drevet i driftssamarbejde med Flensburger Kreisbahn indtil 1920. Amtsbanens hovedkontor lå i Aabenraa sammen med en remise.

Sammenlignet med Haderslev og Als var Aabenraa banerne dårligt udrustede. Lokomotiverne var såkaldte Trambahnlokomotiven, dvs. sporvejslokomotiver, og deres trækkraft var meget begrænset. I passagervognene var der ikke elektrisk lys. I stedet anvendtes i hele jernbanens levetid olielamper.

I lighed med de andre kredsbaner i Sønderjylland var det almindeligt, at der i tilknytning til stationerne var indrettet en stationskro, så de såkaldte baneagenter (stationsforstandere) havde mulighed for at opnå en vis indkomst.

Under 1. verdenskrig anlagde det tyske militær en række befæstninger på tværs af Sønderjylland, den såkaldte Sikringsstilling Nord. Der blev bygget forbindelsesspor mellem amtsbanen og disse befæstninger og nogle af amtsbanens lokomotiver blev udlånt til militæret. Et af forbindelsessporene skabte forbindelse til Haderslev Amts Jernbaner - et 6 km langt spor mellem Øster Terp og Branderup Mølle.

Efter 1. verdenskrigs afslutning var Aabenraa Amts Jernbaner i en dårlig forfatning. Under krigen havde jernbanen fragtet store gods og personmængder, både militære og civile, og den almindelige materialemangel havde betydet at jernbanen var i en dårlig vedligeholdelsesstand. Den uheldige linieføring af nordlinien betød, at trafikken ikke var overvældende, og i takt med at konkurrencen fra lastbiler og busser satte ind, begyndte banen, som før krigen havde givet overskud at blive en underskudsforretning.

Aabenraa amtsråd besluttede derfor at nedlægge amtsbanerne, og sidste dag blev den 31. marts 1926.

Kort tid efter begyndte DSB at bygge en ny normalsporet forbindelse mellem Rødekro og Løgumkloster (Klosterbanen), og en stor del af den gamle amtsbane kom til at indgå i denne strækning.

I 1920 havde banerne følgende stationer og holdepladser:

! Km fra Aab. ! Station - syd ! Km fra Aab. ! Station - vest

* Niels Jensen: Sønderjyske Jernbaner, J. Fr. Clausens forlag, København 1975