Jernbanetilsynet blev oprettet ved lov pr. 1. august 1996 og nedlagt ved deling til Havarikommissionen og Trafikstyrelsen pr. 30. juni 2004 ved Lov om Jernbane.
Direktør var i hele perioden Flemming Lund, der kom fra jobbet som sikkerhedschef ved DSB.
Jernbanetilsynets ansvarsområde omfattede alle virksomheder, der udførte jernbanetrafik (jernbaneoperatører) og/eller anlagde, vedligeholdt og drev jernbaneinfrastruktur (jernbaneinfrastrukturforvaltere). Som eksempler på virksomheder nævntes DSB, Banestyrelsen, Metroen i København, Railion Denmark, Øresundsbro Konsortiet, Arriva Tog og amtsbanerne.
Jernbanetilsynet havde fire hovedopgaver:
- at udstede regler
- at foretage godkendelser
- at føre tilsyn
- at undersøge jernbaneulykker og - hændelser
